Dreamweaverで作業をして保存しサーバーにファイルをアップする際、 Cmd＋Shift＋U　でサーバーにアップされます。 その際、保存ファイルの関連ファイル（CSS,JS）などもアップするかどうかの設定は の「依存ファイルを常に自動保存する」チェックをはずしてください。